La microscopia speculare consente di esaminare lo strato più profondo della cornea, l'endotelio. Questo è un monostrato di cellule perenni (non si rinnovano mai nel corso della vita) che formano un mosaico poligonale e che sono indispensabili per mantenere il giusto grado di trasparenza della cornea. E' importante conoscere la densità delle cellule endoteliali prima di un intervento per sapere quanto tollerante sarà l'occhio in esame all'insulto chirurgico e per selezionare la strategia più appropriata.